M2 IMHE

Interactions Microorganismes, Hôtes et Environnements – IMHE

La spécialité « Interactions Microorganismes, Hôtes et Environnements – IMHE » résulte d’une évolution majeure de la spécialité « Biodiversité et Interactions Microbiennes et Parasitaires – BIMP » (habilitation 2008-2011) qui vise à répondre :

– en premier lieu, à l’attente des étudiants d’une formation professionnalisante en anticipant l’évolution de la demande sociétale et en générant de nouveaux débouchés professionnels intégrant, dés à présent, les retombées attendues de la valorisation de la biodiversité des microorganismes cultivables ou non en matière de bioressources, lutte biologique, bioremédiation, et bioénergétique.

– en second lieu, aux attentes des équipes de recherche face aux évolutions rapides des thématiques liées aux différents domaines de l’écologie microbienne (réseaux trophiques microbiens, flores environnementales et leurs activités, émergence des pathogènes, …) comme de l’infectiologie animale ou végétale et de leurs applications dans le domaine environnementale.

La spécialité IMHE est particulièrement originale et unique dans l’offre régionale en proposant aux étudiants une double formation à la fois théorique et par la recherche en microbiologie, dans tous les aspects de l’écologie et des interactions adaptatives entre les microorganismes et leurs environnements naturels ou anthropisés. Par ailleurs la spécialité aborde les volets pratiques et finalisés en développant les applications de la biomasse et de la diversité microbiennes.

La spécialité IMHE s’appuie sur un important dispositif de recherche fondamentale, finalisée et appliquée dans tous les aspects de la microbiologie (sauf celui de l’infectiologie humaine, Master Biologie Santé) des laboratoires de Montpellier, Nîmes, Avignon et Narbonne. Ceux-ci dépendent de multiples tutelles (UM2, UM1, Montpellier Sup Agro, CNRS, IRD INRA, CIRAD, IFREMER), et sur un partenariat avec les pôles de compétitivité régionaux (DERBI, TRIMATEC) et des entreprises implantées en région Languedoc-Roussillon (Proteus, DEINOV, Alguasud, …) et au-delà.

Cette spécialité offre aux étudiants la possibilité d’entrer en M1 sans conditionner leur évolution future vers la recherche académique ou vers un débouché professionnel. Ainsi la concertation avec les étudiants concernés permet de mettre en place des combinatoires personnalisées et de répondre à des objectifs professionnels diversifiés. A ce titre, la spécialité IMHE s’inscrit dans l’offre de formation qui fait suite à la Licence Biologie Parcours Microbiologie de l’UM2, permettant ainsi à ces étudiants qui ne choisirait pas le Master « Biologie Santé », de disposer d’une offre de formation en microbiologie avec le choix de faire évoluer leur projet professionnel au cours de ce cursus. La spécialité est ouverte aux autres étudiants de la Licence Biologie de l’UM2 qui souhaitent se spécialiser vers la microbiologie. Elle s’inscrit aussi dans une logique de spécialisation en microbiologie pour des étudiants en médecine, pharmacie, odontologie et pour des étudiants-ingénieurs d’écoles en biologie du vivant et en agronomie (comme Montpellier SupAgro, du site de Montpellier).

La présence dans la communauté scientifique d’équipes leader dans le domaine de la microbiologie et de ses applications, et une tradition de collaboration entre ces équipes de recherche et l’enseignement permet de proposer une offre de formation cohérente qui s’articule autour de deux axes thématiques dans les domaines des Interactions des Microorganismes avec des Environnements variés ou sous contrainte environnementale. Du point de vue pratique, la nouvelle maquette intégrera également une vision appliquée de l’exploitation des bio ressources microbiennes, y compris non cultivables, incluant les nouvelles approches en matières de bioénergétique, de bioremédiation, de lutte biologique. Cette nouvelle organisation de l’enseignement de la microbiologie assurera une meilleure visibilité des forces importantes en région Languedoc Roussillon dans tous les domaines de l’écologie microbienne.

Contexte :

Cette formation résulte de la volonté de toutes les équipes de recherche en microbiologie de Montpellier (UM II, UM I, Montpellier SupAgro, organismes de recherche EPST et EPIC) et de sites proches (Narbonne, Nîmes, Avignon) de promouvoir une approche intégrée des systèmes microbiens. Cet enseignement est donc particulièrement original et unique dans l’offre régionale et nationale en offrant aux étudiants une formation théorique et par la recherche en microbiologie dans tous les aspects depuis les mécanismes génétiques et cellulaires jusqu’à l’évolution et l’écologie (interactions et écosystèmes). La formation aborde aussi bien l’étude des micro-organismes en tant que cellules, individus, populations et communautés que leurs interactions avec les autres organismes (homme, animal, plante), leur diversité et leurs rôles dans le fonctionnement des écosystèmes terrestres et aquatiques. In fine, cet enseignement conduit à une vision globale des micro-organismes en relation avec les environnements naturels souvent anthropisés et les environnements « modernes » (hôpital, ville, …), et de leurs réactions face aux modifications de ces environnements, notamment dans le contexte des changements globaux. Cette démarche intégrative permet ainsi d’expliquer l’émergence des agents infectieux microbiens, des résistances aux antibiotiques, de nouvelles voies de biodégradation de xénobiotiques, … en relation avec les pressions anthropiques, ainsi que l’action environnementale des micro-organismes (rôle dans les services écosystémiques comme la séquestration du carbone, la nutrition des plantes, la fertilité de sols, …). La formation cible aussi bien des aspects moléculaires et cellulaires, que les interactions ou les dynamiques des populations et des communautés des micro-organismes dans tous les écosystèmes.

Objectifs :

Les objectifs pédagogiques de cette combinatoire d’enseignements sont de prendre en compte les systèmes microbiens dans une démarche intégrative abordant aussi bien l’étude des micro-organismes en tant que cellules, individus, populations et communautés que leurs interactions avec les autres organismes (homme, animal, plante) ou leurs rôles (biodiversité) dans le fonctionnement des écosystèmes. In fine, cet enseignement conduit à une vision globale des micro-organismes en relation avec les environnements naturels souvent anthropisés et « modernes » (hôpital, ville, …), et de leurs réactions face aux modifications de ces environnements, notamment dans le contexte des changements globaux.